散文精选网southern杂交
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Southern杂交的那些事儿
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Southern印迹杂交（Southern blot）是1975年由英国人southern创建，是研究DNA图谱的基本技术，在遗传病诊断、DNA图谱分析及PCR产物分析等方面有重要价值。平常在实验过程中，也会出现没有结果，或者结果不好的种种问题，今天就此实验技术的一些常见问题及解决办法做一下归总，希望可以对做此实验的伙伴些许帮助。
（1）做Southern用杂交袋还是杂交管（瓶）好？
答：杂交管好用，首先杂交管不用担心气泡问题，而且膜可以均匀杂交，其次杂交管其实也用不了多少杂交液，只需要几毫升，在杂交炉里旋转就可以保证膜均匀杂交。
（2）细菌基因组酶切后的条带可不可以用非变性聚丙烯酰胺凝胶来分离？然后再通过湿转印到尼龙膜上，一般要转印多久？
文献上一般都是通过0.8%左右的琼脂糖凝胶来分离的，但是通过传统的毛细管法转印到膜上比较麻烦，琼脂糖凝胶上的DNA能通过半干转印仪来转印吗？
答：首先不一定要用非变性聚丙烯酰胺凝胶来分离：Southern杂交目的就是要知道基因组中是否有想要的基因片段，并且可能还要知道此基因片段的位置是否与预期的一样，所以酶切基因组并杂交，其杂交条带的大小是很重要的指标，如果采用非变性聚丙烯酰胺凝胶，虽然大多数DNA的迁移率与其大小的对数值成反比，但迁移率也受碱基组成序列的影响，以致大小完全相同的DNA迁移率相差达10%，所以非变性聚丙烯酰胺凝胶不能用来确定DNA的大小。一般采用琼脂糖凝胶电泳。但是，如果不在意片段的大小，可以聚丙烯酰胺凝胶后采用电转的方法。电转的时间取决于片段的大小，凝胶空隙和外加电场的强度，可参阅电转移的说明书。其次是转移方法：基本上有三种：毛细管转移最常用也很稳定。电转移效果不好，必须使用带电的尼龙膜，温度可能会过热等等问题，经常是时而转不出来。真空转移效率高，但需要仪器。毛细管转移虽然麻烦，但没有条件的情况下最好用，而且非常稳定，大小片段都能转得很好。
（3）Southern杂交的时候用什么来做标记比较好呢?除了放射性元素以外。
答：非放射性标记系统主要包括三大类：半抗原类、荧光色素类、酶类。其中半抗原类使用最为广泛，商品化选择最多。①半抗原类：主要有生物素(biotin)、地高辛、荧光素、二硝基苯(dinitrophenyl)、雌二醇、香豆素等，前三者使用最为广泛，且均有商品化试剂盒选用。②荧光色素类：主要包括荧光素、异硫氰酸荧光素、香豆素、德州红等。③酶标法：以Amersham Pharmacia公司开发的ECL系统为代表。它是在戊二醛的作用下将辣跟过氧化物酶(HRP)或碱性磷酸酶(AP)与寡棱苷酸探针片断直接共价相连，此法简化了检测步骤，减少了非特异污染的可能。在这些系统中以新的荧光色素类标记物最具潜力。
非放射性系统的优势为：(1)安全、无污染、使用及后处理方便；(2)稳定性好，标记好的探针可保存一年甚至更久，降低工作强度、批次检测之间重复性好，为多样本或长期检测带来极大方便；(3)利用几种不同的探针标记方法，可一次对同一样本进行多探针杂交。非放射性标记物发展方向为灵敏度高、稳定性好、实验周期短、检测方法简单、安全。
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